如果在论文查重时发现参考文献没有引用标注，可以采用以下方法解决：

首先，检查论文的格式是否正确。参考文献的格式通常包括作者、标题、发表时间、期刊名称等信息。如果格式不正确，系统可能无法正确识别和标注参考文献。这时，需要仔细检查论文的格式，确保参考文献的格式正确，以便系统能够正确识别和标注。

其次，手动添加引用标注。如果参考文献没有自动标注，可以手动添加引用标注。具体方法是：在参考文献后加上引用标注，如[1]、[2]、[3]等。这样，系统在查重时就能够识别和标注参考文献，从而避免参考文献被检测为重复内容。

另外，可以尝试使用不同的查重系统进行查重。不同的查重系统可能有不同的检测算法和比对库，可能会对参考文献的识别和标注存在差异。因此，可以选择使用其他可靠的查重系统进行查重，以便获得更准确的结果。

此外，对于参考文献的引用，还需要注意以下几点：

1、尽量使用权威期刊或学术机构的文献作为参考文献，以提高参考文献的质量和可靠性。

2、避免引用过时或已经不存在的文献作为参考文献，以免影响论文的质量和可信度。

3、引用文献时应该注明出处和引用方式，遵守学术规范和引用规范。

4、对于转引的文献，需要仔细核对原文并做好注释说明，避免出现知识产权纠纷。

总之，在论文查重时如果发现参考文献没有引用标注，需要仔细检查论文的格式是否正确、手动添加引用标注、使用不同的查重系统进行查重以及注意参考文献的引用质量和规范。这样可以有效避免参考文献被检测为重复内容，提高论文的质量和可信度。