研究生论文的正文是论文必查部分，其中涉及到的图表、公式、代码等也计算在正文部分中，知网的新系统可识别图片中含有的文字，若图片中包含重复的文字，也将被计入重复。对于论文中的引用部分，作者应当以脚注明确标注。中国知网查重系统根据硕士论文的章节进行分章查重，系统自动形成的目录不在查重的范围之内。知网不会检测参考文献，若参考文献的格式有误，系统无法识别，将按正文计算，因而导致重复率过高。
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