知网论文查重对任意一篇需要检测的文献，系统首先对其进行分层处理，按照篇章、段落、句子等层级分别创建指纹，而比对资源库中的比对文献，也采取同样技术创建指纹索引。这样的分层多阶指纹结构，不仅可以满足对超长文献的快速检测，而且因为最小指纹粒度为句子，因此也满足了系统对检准率和检全率的高要求。原则上只要检测文献与比对文献存在一个相同的句子，就能被论文检测系统发现。
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