首先学校会将理工类论文上传至知网查重系统中，然后知网查重系统对理工类论文进行分层处理，按照篇章、段落、句子等层级分别创建指纹，而比对资源库中的文献，也采取同样技术创建指纹索引。之后查重系统对分层后的内容采用连续出现13个字符类似就会判为重复为标准，对于重复的内容知网查重系统会自动将重复部分计算到论文的总重复率之中，最后得出最终的论文查重报告。
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